配伍制劑以后，藥物相互之間到底起了什么變化?這種變化對療效的發揮又有什么影響?這都是關于中藥配伍機制的根本性問題。對于這個問題，國內外都曾加以探索，只是目前尚未臻明朗的境界。下面分三方面來談。
1.數種藥物在配伍共劑的過程中，很可能會產生“質”的變化--主要指化學變化而言。
由于中醫傳統的劑型以湯為主，水為化學變化的最主要基質，而煎藥時的溫
度又足以提高反應的可能和速度。至于藥物在炮制或制劑過程中加入了某些有機溶媒(如酒、醋等)，更使這個可能顯得具有現實意義。上文曾提及酒、醋等對于藥物有效成分溶出的意義，但由于植物所含有機成分比較復雜，目前尚難具體說明其變化。但在礦物藥方面，則較易從無機化學的定性、定量而確定其變化的結果。例如：紅升丹系水銀(汞)、火硝(硝酸鉀)與白磯合煉，經升華反應而制成的粗制氧化汞，有的含量可達98%以上。
2.數種藥物在配伍共劑的過程中，不產生“質”的變化(指化學變化)--僅單純表現為物理性的溶解摻和，因而所表現的共同療效主要為各個藥在有效價的量上的積累。
在一般情況下，方劑配伍可能較多表現為這種形式。例如：大黃攻下實熱，芒硝軟堅潤燥，配合則主治陽明腑實、燥結而堅，故大承氣湯、調胃承氣湯、大陷胸湯及丸、大黃牡丹皮湯、黃龍湯等均合用之。如單從瀉下作用而言，大黃則可分解出大黃素(蔥酣類)，為刺激性瀉藥，可以導致腸蠕動亢進;芒硝即硫酸鈉，為容積性瀉藥，可以在腸腔形成高滲透壓，吸出腸壁的水分。故知大黃與芒硝，一為有機物一為無機物，在共劑中雖不產生化學變化，但其藥理作用(部位與方式)不同，因而互取所長，組合甚妙，不禁使我們由衷贊嘆古人經驗的可貴。
3.既肯定每個藥各自的性能，又承認藥物之間有相互影響的可能，這是中醫學術的傳統觀點。
徐靈胎對這個觀點有精辟的發揮，見于所著《醫學源流論》等書中。他認為，“方之與藥，似合而實離也……故方之既成，能使藥各全其性，亦能使藥各失其性，操縱之法有大權焉，此方之妙也”。所謂各全與各失其性，他又補充說：“一藥有一藥之性能功效，藥之功用不止一端，在此方則取此長，在彼方則取彼長”。此方、彼方蓋指不同的配伍;此長、彼長則表示經配伍后可能產生的性質上的變化，不單是量的增減也。
關于中藥復方配伍機制的研究，是個艱巨的科學實踐過程，必須付出巨大的勞動。然而，世界是可知的，堅持下去終可臻于曉暢的一天。從現有資料來看，即使在含有復雜有機成分的植物藥方面，也有了一些苗頭。例如，中國科學院藥物研究所傅豐永等報道，他們在復方天麻鉤藤飲的化學研究中發現，牛膝的皂甘與桑寄生的酚性物質部分(包括鞣質和黃酮昔)，在復方中有化學變化產生，故在煎劑中無皂昔的溶血現象，亦改變了鞣與酚遇到三氯化鐵時的呈色反應。但其變化后的產物究屬何物，尚待進一步研究。此外，他們又發現牛膝、桑寄生、杜仲炭三藥的混合制劑(不論是混合液或合煎液)，均較各藥單煎時含較明顯的生物堿、黃酮昔、香豆精昔等反應。他們推想：這些藥的降壓作用可能與之有關。
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